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合同的不同直接影响工程的结算方式，清单结算模式下的常用合同的有综合单价及固定总价两种方式。而不论采用那种结算方式，工程变更和工程签证都是过程中比较麻烦且在结算中容易出现争议的环节。甲乙双方在工程开工之前通常都会在合同中采用某种方式对这两种情形进行约定。但由于工程的复杂性及单样性等特征，往往会发生很多合同约定外的情况，由此造成双方互相扯皮、翻脸甚至对簿公堂。这个时候要想做好工程结算就是不大可能的事情了。因此，工程的结算绝不能把眼光紧紧的盯到结算上，而是应该立足于全过程。
1.清单模式下签订了固定总价合同，仅调整变更、签证部分，约定范围内的工程价格不调整（任何情况均不调整）。同时要保证清单报价中的单价的完整性合理性及约定一种独立的调增调减的办法，防止以后的调整变更的时候要重新确定综合单价。
例如，牟个房间的地面做法放生改变，调整的时候是按照清单量还是按照图纸重新计算？如果清单工程量准确则没有什么问题，万一清单工程量与实际工程量有了较大差异，则这种约定就可以防止变更调整时的扯皮。对于清单中没有的项目，可以约定按照当地的定额、当地的政府指导价格、当地的取费程序、优惠率等进行调增及调减。形式则为承包人对有关细目提出的价格将采用新的价格，监理工程师审查，业主批准。如监理工程师认为所报价格不合格适，可退回承包人对所提出的新的价格进行修订。如监理工程师与承包人不能就新价格达成一致时，可请造价部门审定；暂定价的材料、设备可按经业主或监理工程师签证的发票价格取差价，差价部分只计税金。
2.清单模式下签订了单价固定合同，条件允许，尽可能的签订单价不调合同（不因任何情况而改变）。如果签订了单价可调合同，则要对所有涉及到价格调整的因素纳入合同。
例如：政策、法规的变化、项目特征描述不清楚、变更导致的工程量增减超出一定的幅度而引起的单价变化、市场价格波动超出一定的幅度等等。给出详细的计算公式，参考的依据为官方相关资料。价格调整形式上同总价固定合同。
3. 变更、签证在执行的过程中，有如下需要注意的地方：
1) 要保证乙方对甲方正式发出的变更、签证通知单，应及时、完整的执行，甲方按照合同约定，及时足量的支付变更签证价款。如有违约情况出现，制定相关的惩罚或补偿措施。仅有约定而没有相应的处罚措施是远远不够的，在对方不履行承诺的时候，又为如何惩罚和补偿而争议。
2) 甲方发出的变更签证通知单，必须加盖指定的印章(或负责人签字 ），否则乙方可以不予接受，反之亦然。这种情况在相关的负责人比较复杂，并且观点、要求及权限等差异很大的时候显得尤为重要。
3) 办理的变更、签证需满足合同约定下的计价方式下的要求，这是进行变更、签证结算的前提。
4) 合同履行过程中，双方必须使用事先约定的标准格式，且要连续编号，妥善保存。在单据交付时，双方都必须设置交付纪录表，并且不得拒签。这样看似很教条，其实在实际工作中作用巨大。工程中有很多的突发情况，也因此有很多的口头的指令，事情过后一段时间或者相关责任人因故离开，或者有第三方介入，或者同样的事情发生重复等等，都会有理说不清。这种情况在工程复杂且工程方案多变的情况下显得尤其重要。因此，再急的事情，在金额不能确定的情况下，也应该有相关责任人签字确认事情的发生，并且约定计价方式定方可实施，且亦应约定晚的补办正规手续的期限。
5) 在涉及到可重复利用的材料的时候，应在拆除前与甲方谈定材料的可重复利用率。通常施工方在办理的时候仅会描述实际情况，而到了签证结算的时候才会发现拆除材料的可利用率及回收问题。
6) 临时用工方面，应该特别签订取定的人工单价是否已含管理费、利润。材料批价方面应注明是否已含规费及税金。
7) 每月的月末，甲乙双方宜就本月已经确定的的变更签证的费用进行综合核对及确认，并按照工程款同比例支付。这样一方面可以使甲方很好的控制工程成本，另外也解决了因为时间太长而导致的一系列问题，使施工方的进度款得到保障。
8) 甲乙双方宜约定一定的金额，在此范围内的单项变更签证不予办理（不论金额增减）。工程中的小的变故还是有很多，很小的一点儿变更和签证都要走正规的程序，相关的人员都会增加很多的工作量。约定一定的金额比例还是很必要的，金额的大小看双方的承受力。
9) 因不可抗力造成的费用结算，要进行约定。
10) 由于发包方或者承包方原因导致的工期拖延要进行约定。
4. 在充足的时间前提下，一个考虑成熟的设计方案，一份好的设计图纸、一份数量及描述的准确的清单，是减少变更、签证的前提.变更签证少了工程的结算才会顺利。在条件不允许的情况下，我们也只有事先的估计可能遇到的困难，指定解决的方式，并于过程中有效的实施，才能做好变更、签证下的工程结算！